De uitvoering van het Lusaka-akkoord verliep in 2000 moeizaam. Milities werden niet ontwapend, buitenlandse troepen werden mondjesmaat teruggetrokken en het geweld hield aan. De komst van de VN-missie MONUC, die diende toe te zien op de wapenstilstand, werd door president Laurent-Désiré Kabila actief tegengewerkt. Rwanda en Oeganda, voorheen bondgenoten, voerden in mei en juni gevechten in Congo. Het nationale politieke debat dat volgens het Lusaka-akkoord gevoerd zou moeten worden, mislukte. In plaats daarvan vormde president Kabila zelf een parlement. De leden werden door Kabila benoemd of door een regeringscommissie geselecteerd.

Etnische Hema en Lendu waren in 1999 slaags geraakt in de oostelijke provincie Ituri, voornamelijk door een conflict over graasrechten. Oegandese regeringstroepen en de door hen gesteunde rebellen van RCD-ML (vnl. Banyamulenge-Tutsi) raakten betrokken. In 2001 werd het conflict bijgelegd, nadat ca. 7000 burgers waren omgekomen en tienduizenden op de vlucht waren geslagen. Jean-Pierre Bemba, leider van een andere door Oeganda gesteunde rebellenclub, de MLC, bemiddelde bij de beëindiging van de strijd.

Laurent-Désiré Kabila werd in januari 2001 vermoord door een van zijn lijfwachten. Zijn zoon Joseph Kabila volgde hem op. Deze liet weten ernst te willen maken met de uitvoering van het Lusaka-akkoord. Hij ontbond het parlement en hief het verbod op politieke activiteit op. Tevens erkende hij de door de Organisatie voor Afrikaanse Eenheid benoemde oud-president van Botswana, Quett Masire, als bemiddelaar bij de uitvoering van het Lusaka-akkoord. In februari maakten strijdende partijen een aanvang met de terugtrekking van troepen achter het front, en in maart arriveerden de eerste troepen van MONUC.

Ondanks het staakt-het-vuren werd er in 2002 vooral in Oost-Congo nog hevig gevochten. Desondanks werden in het Zuid-Afrikaanse Sun City gesprekken gevoerd over nationale verzoening tussen regering, de belangrijkste rebellengroepen RCD en MLC, en diverse niet-strijdende groeperingen. Er werd geen algemene overeenstemming bereikt. Dat gebeurde wel later, met een akkoord dat in december 2002 in Pretoria werd ondertekend door de regering, MLC en RCD. Het akkoord omvatte de vorming van een overgangsregering die verkiezingen diende voor te bereiden, en een regering met Kabila als president en vier vice-presidenten. De vice-presidenten vertegenwoordigden de regering, de RCD, de MLC en de niet-gewapende oppositie. Het akkoord was mogelijk geworden nadat Kabila overeenstemming had bereikt met Oeganda en Rwanda over terugtrekking van hun troepen uit Congo. Later trok ook Burundi zich terug, gevolgd door Kabila's bondgenoten Angola, Namibië en Zimbabwe. De VN-troepenmacht MONUC werd uitgebreid tot bijna 9000 militairen, en in 2004 tot 16 000.

In april 2003 werd in het Zuid-Afrikaanse Sun City een akkoord bereikt tussen regering en rebellen over de vorming van een overgangsregering en een nieuwe, voorlopige grondwet. Er zou ook een nieuw nationaal leger gevormd worden, waarin leden van de rebellenbewegingen zouden worden opgenomen.

Het conflict tussen Hema en Lendu laaide in 2003 weer in alle hevigheid op. Vooral om de stad Bunia in Ituri werd fel gevochten; de stad werd ingenomen door de door Hema gedomineerde rebellenbeweging UPC. In augustus werd een nieuw akkoord bereikt tussen Hema- en Lendumilities. De VN-Veiligheidsraad had in mei besloten tot het sturen van een interventiemacht naar Bunia, die geleid werd door Frankrijk. Kort daarop werd het mandaat van MONUC versterkt en verlengd.

De VN verrichtte ook onderzoek naar illegale exploitatie van grondstoffen in Congo. Om het vredesproces niet te verstoren werd een deel van het rapport niet openbaar gemaakt, hetgeen wees op betrokkenheid van de strijdende partijen bij de illegale handel.

Regeringstroepen in het oosten raakten in 2004 onderling slaags door conflicten tussen Kinshasagetrouwen en voormalige strijders van de RCD-Goma die in het leger waren opgenomen. De stad Bukavu werd in juni enige tijd ingenomen door de RCD-Goma. Volgens Kinshasa zat Rwanda achter de muiterij. In het gebied waren ook nog Hutumilities actief, de aartsvijanden van de vooral uit Tutsi bestaande RCD-Goma. Veel inwoners van de stad waren gevlucht; 150 Tutsi onder hen werden in augustus in een vluchtelingenkamp in Burundi vermoord.

Het Internationaal Strafhof (ICC) in Den Haag besloot in 2004 onderzoek te gaan doen naar genocide, oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid in Congo. De Congolese regering was bereid samen te werken met het Strafhof. UPC-leider Thomas Lubanga werd in 2006 als eerste uitgeleverd aan het hof; hij werd onder meer verdacht van verantwoordelijkheid voor de moord op negen VN-militairen uit Bangladesh in 2005.

In december 2005 stemde een ruime meerderheid van de kiesgerechtigden in met een nieuwe grondwet. De constitutie diende de weg vrij te maken naar vrije verkiezingen.