Met dit resultaat kon geen van de partijen tevreden zijn: de koning en de overtuigde katholieken zouden op den duur nooit de vrijheid van de ketters erkennen en de koning wilde geen macht aan de Staten afstaan. De protestanten waren evenmin tevreden; de orthodoxen wilden de alleenheerschappij van het calvinisme, de gematigden althans meer overwicht over het katholicisme. In de Staten-Generaal vormden de radicalen een machtige groep, die de vergadering een gedecideerde houding deed aannemen tegenover de inmiddels aangekomen landvoogd, Don Juan van Oostenrijk: de Staten eisten eerst van hem de erkenning van de Pacificatie (bij het Eeuwig Edict) en verklaarden hem vervallen toen hij de Spaanse troepen toch terugriep. Daarna benoemden zij een eigen landvoogd, Matthias, terwijl Oranje steeds meer invloed kreeg en revolutionaire comités in vele Vlaamse en Brabantse steden werden opgericht. Maar het optreden van de calvinisten in sommige steden verontrustte de gematigde katholieken en de slechts politiek ontevredenen, terwijl de orthodoxe katholieken niets wilden weten van concessies aan de protestanten. Daardoor bleef een plan van Oranje om protestanten en katholieken gelijke rechten toe te kennen, onuitgevoerd. Met de katholieke ijveraars en Zuid-Nederlandse edelen stelde Alexander Farnese, hertog van Parma, de opvolger van Don Juan, zich in verbinding en hij slaagde erin een bondgenootschap te sluiten met de Staten van Henegouwen en Artesië, de zgn. Unie van Atrecht. Daartegenover verenigde de Prins van Oranje een aantal gewesten in de Unie van Utrecht, met het doel de strijd voort te zetten, voor godsdienstvrijheid en Statenmacht. Het militaire genie van Parma en het conservatisme van de meerderheid, die afkerig was van een opstand tegen de wettige vorst en de officiële Kerk, hebben tezamen de landvoogd het grootste succes doen behalen: in de jaren tussen 1579 en 1589 herstelde hij door wapengeweld, overreding en schone beloften het koninklijk gezag en de Rooms-Katholieke Kerk in alle gewesten ten zuiden van de grote rivieren (val van Antwerpen, 1585), in het grootste deel van Overijssel, de Achterhoek, Drenthe en Groningen. Ook wist hij na 1583, in het heroverde Duinkerke, een sterke kapervloot te organiseren, die weldra een groot gevaar zou worden voor de koopvaardij van de rebellen. De hulp die de opstandelingen kregen van de Franse koning (die toestond dat Anjou soeverein werd) en van Elizabeth I van Engeland (die de graaf van Leicester met troepen zond), leverde slechts nieuwe onenigheid op. De Staten-Generaal hadden in 1581 bij het zgn. Plakkaat van Verlating hun trouw aan Filips II opgezegd en zochten nu de soevereiniteit aan een andere vorst op te dragen. Door deze teleurstellingen wijzer geworden, gingen de Staten-Generaal van de opstandige gewesten (thans te 's-Gravenhage in plaats van te Brussel of Antwerpen zetelend) er niet weer toe over een vreemde als soeverein te erkennen. Intussen ging de ontwikkeling in de richting van een ‘statenbond’ van zeven gewesten, ieder voor zich soeverein, de Republiek der Verenigde Nederlanden, door. In het algemeen wordt 1588 als voorlopig eindpunt daarvan genomen.