Men kan de Opstand laten aanvangen met de Beeldenstorm (1566). Toen deze begon, bestonden in de Nederlanden grote bezwaren tegen de regeringswijze van Filips II en tegen diens ambtenaren te Brussel. Maar door de schending van wat de katholieken heilig was, kwam er een scheiding: al wie gehecht was aan de oude Kerk of elke ordeverstoring veroordeelde, schaarde zich aan de zijde van de landvoogdes; alleen overtuigde calvinisten en ontevreden edelen bleven het verzet volhouden en eisten godsdienstvrijheid. De troepen van de regering wonnen van de Opstandelingen (Valenciennes, Oosterweel) en in mei 1567 waren ook Antwerpen, 's-Hertogenbosch, Maastricht en Amsterdam weer onder Spaans gezag gebracht. Duizenden weken uit. Aan hun hoofd stelden zich enkele edelen, onder leiding van de Prins van Oranje, terwijl Alva de ontevredenheid deed toenemen met de Raad van Beroerten en diens vele strenge vonnissen, met de invoering van nieuwe belastingen (o.a. de tiende penning), een nieuw strafwetboek, legering van garnizoenen in de steden, steun aan de inquisitie en doorzetten van de bisschoppelijke indeling. Willem van Oranje wierf een leger aan om Alva te verdrijven en deed vanuit Duitsland enkele invallen. De eerste mislukte (zie Slag bij Heiligerlee), mede door gebrek aan geld en aan steun van de bevolking. Intussen beheersten de watergeuzen de kustzeeën en riviermondingen, beroofden vele koopvaarders, verontrustten de kuststreek door plundertochten, dekten troepentransporten en blokkeerden die van de vijand, wiens vloot zij versloegen op de Eems. Het ontbrak hun evenwel aan een dichtbij gelegen basis, tot in 1572 Brielle in hun handen viel. Hierop vielen zij vele steden binnen, terwijl verscheidene steden, deels met hun hulp, naar de zijde van de Opstandelingen overliepen, het eerst in Holland en Zeeland, waar zij gezamenlijk een landsbestuur vormden (Statenvergadering in Dordrecht, juli 1572) met Oranje (formeel) als vertegenwoordiger van het koninklijk gezag. Toen Karel IX van Frankrijk, die de Opstand aanvankelijk steunde, hen in de steek liet en Alva's troepen zeer sterk bleken te zijn, terwijl in een bevrijde stad direct de hervormde godsdienst werd ingevoerd en de katholieke bedreigd, keerden velen de Prins de rug toe. Andere steden (Mechelen, Zutphen, Naarden, Haarlem) werden met geweld veroverd en door Alva zwaar gestraft. Alleen in Holland en Zeeland konden de rebellen zich op de meeste plaatsen handhaven (Alkmaar), dankzij hun fel verzet en het overwicht te water. Op de Schelde (Reimerswaal) en rondom Amsterdam (Slag op de Zuiderzee) werd de vijandelijke vloot herhaaldelijk verslagen; Middelburg werd veroverd en Leiden ontzet (1574) met hulp van een scheepsmacht. Te land echter waren Oranjes legers niet tegen de Spaanse opgewassen (Slag op de Mookerheide).

Alle onderhandelingen sprongen af, doordat de regering geen afstand wilde doen van de eis van alleenheerschappij van de Rooms-Katholieke Kerk en van het centrale bestuur met de volstrekte macht van de vorst. Toen in maart 1576 Requesens (Alva's opvolger) plotseling stierf en geen opvolger aanwezig was, kwam de ernstige ontevredenheid ook in de zuidelijke gewesten tot uiting, vooral toen de Spaanse troepen gingen muiten (o.m. de Spaanse Furie). De Staten van Brabant riepen een vergadering van de Staten-Generaal bijeen, die over het bestrijden van de muiterij en vrede met de rebellen zou beraadslagen. Onderhandelingen met Holland en Zeeland te Gent leidden tot een overeenkomst: bij de Pacificatie van Gent werd de vrede in de Nederlanden hersteld. De eigenlijke regeermacht ging over op de Staten van de gewesten en de Staten-Generaal, de koninklijke troepen zouden het land verlaten en de geloofsvervolging werd gestaakt; in Holland en Zeeland bleef de Kerk in calvinistische geest hervormd en werd als zodanig door de andere erkend.