Door zijn populariteit, mede door het Egyptische ‘succes’, was Napoleon in staat om het tweede Directoire ten val te brengen. Hij pleegde deze staatsgreep van 18 brumaire op 9 november 1799. Met de directeuren van het Directoire, Emanuel Joseph Sieyès en Roger-Ducos, vormde hij een voorlopige regering. Op 24 december 1799 voerde Napoleon een autoritair systeem in: het consulaat. Napoleon had daarin als eerste consul bijna alle macht. Met het zogenaamde het prefectenstelsel zorgde hij ervoor dat de Franse Republiek gefundeerd was op een autoritair stelsel van militaire dictatuur. Hiermee maakte hij ook een einde aan de politieke opstand van de revolutionairen. In 1800 vormde hij een commissie om het burgerlijke recht te codificeren (in een wetboek vast te leggen). Dit resulteerde in 1804 in de beroemde Code Napoléon of Code Civil (in 1810 gevolgd door de Code Pénal).

Na het mislukken van voorzichtige vredespogingen met Engeland en Oostenrijk – die star het herstel van de Bourbons eisten en de oude grenzen wilden herstellen – laaide de oorlog opnieuw op. Engeland blokkeerde alle Franse havens. Toen het Oostenrijkse leger versterking kreeg uit Napels, Sardinië, Beieren en Württemberg, dreigde er een invasie van Frankrijk. Tussen 15 en 20 mei 1800 volbracht een leger onder Napoleons persoonlijke leiding de beroemde tocht over de Grote St.-Bernardpas. Zijn onderbevelhebber generaal Desaix bracht de Oostenrijkers op 14 juni 1800 bij Marengo een nederlaag toe. Hierdoor moest Oostenrijk het inmiddels heroverde Noord-Italië afstaan. Na de verpletterende nederlaag bij Hohenlinden gaf Oostenrijk de strijd op en sloot op 9 februari 1801 de Vrede van Lunéville. De Vrede van Campo Formio werd vernieuwd, en de Rijn werd als Frankrijks grens erkend. Kort daarna begon ook de voorbereiding van een regeling met Engeland, die op 25 maart 1802 leidde tot de Vrede van Amiens. De vrede leek hiermee teruggekeerd in Europa.

Een ander belangrijk succes van het jonge consulaat was het concordaat, dat op 15 juli 1801 tussen Frankrijk en de Kerkelijke Staat (paus Pius VII) gesloten werd. De Rooms-Katholieke Kerk kreeg hiermee in Frankrijk vrijwel de oude status. Napoleon was zelf een deïst in de traditie van Voltaire, Hij was ervan overtuigd dat de kerk – zolang deze ondergeschikt bleef aan de autoritaire staat – de beste steun voor het gezag was. Daarom steunde hij in Egypte de islam en in Frankrijk en Italië het rooms-katholicisme. Het concordaat zorgde voor verzoening tussen de katholieken en de Franse staat. Het heeft er ook toe bijgedragen dat Napoleon op 14 februari 1802 president werd van de Cisalpijnse (voortaan: Italiaanse) Republiek.