Na de Vrede van Campo Formio richtte Napoleon alle aandacht op de oorlog tegen Engeland. Op 2 november 1797 gaf het tweede Directoire (Frans bewind van september 1797 tot november 1799) Napoleon het opperbevel. Hij wees het invasieplan dat hem werd voorgelegd af en besloot tot een expeditie naar Egypte, dat bij Engeland hoorde. Deze expeditie moest het begin worden van een onderneming om Engeland van zijn koloniaal bezit te beroven. Met een leger van 40 000 man voer Napoleon op 19 mei 1798 naar Alexandrië. Na een zware woestijntocht versloeg hij de Turkse Mamelukken op 25 juli bij de piramiden, vanwaar – volgens Napoleons altijd doeltreffende uitspraken – ‘veertig eeuwen op de soldaten neerzagen’.

Op 1 augustus 1798 leden de Fransen een grote nederlaag bij de Slag op de Nijl. De Engelse admiraal Horatio Nelson vernietigde de hele Franse vloot bij de baai van Aboekir, zodat Bonaparte en zijn leger in Egypte opgesloten zaten. Desondanks voerde hij in Egypte een westers regeringssysteem in (onder erkenning van de islam). Ook legde hij de grondslag voor de studie van de egyptologie. Najaar 1799 droeg hij het commando over aan zijn onderbevelhebber Kléber en vertrok naar Frankrijk. De laatste Franse troepen gaven zich in 1801 over aan de verenigde legers van Turkije en Engeland.