In maart 1796 kreeg Napoleon de leiding over een expeditie naar Italië. Deze expeditie was de start van zijn onstuitbare carrière. Napoleon kreeg deze opdracht vooral dankzij de directeur van het Directoire, Paul François Jean Nicolas Barras. Barras’ voormalige maîtresse, Joséphine de Beauharnais, was op 9 maart 1796 getrouwd met Napoleon. Napoleon kreeg door dit huwelijk een plaats in de heersende kringen. Napoleons invasie van Italië verliep erg succesvol. Het lukte hem in april 1796 om de vereniging van de Oostenrijkse en de Piemontese (Italiaanse) strijdkrachten te voorkomen. Nadat zijn troepen stormenderhand de brug over de Adda bij Lodi ingenomen hadden en de Oostenrijkers (de bondgenoten van de Italianen) zich moesten terugtrekken, hield hij op 15 mei 1796 als grote overwinnaar zijn intocht in Milaan.

Hier begon zijn Caesarendroom om Europa te beheersen, zoals ooit de Romeinse keizers en in hun kielzog Karel de Grote hadden gedaan. Napoleon deed een – geslaagd – beroep op Italiaanse patriotten de Fransen te begroeten als bevrijders en herstellers van de rechten van de mens. Napoleon richtte in juni 1796 in Italië een Ligurische Republiek (Genua) op. In oktober 1796 stichtte hij bovendien een Cispadaanse Republiek in Romagna, dat hij op de Kerkelijke Staat had veroverd. Zijn plan om naar Wenen door te stoten, mislukte door krachtige tegenstand van het herstelde Oostenrijkse leger. De strijd raakte in een impasse, waardoor Napoleon op 18 april 1797 akkoord ging met de Vrede van Leoben. In dit verdrag was afgesproken dat Oostenrijk de Zuidelijke Nederlanden en Lombardije aan Frankrijk afstond. Ter compensatie kreeg Oostenrijk het grootste deel van Venetië.

Voorlopig ging Napoleon wonen op het landgoed Mombello bij Milaan, waar hij en Joséphine een vorstelijke hofhouding creëerden. In het najaar stichtte hij de Cisalpijnse Republiek (Lombardije) en verenigde daarmee later de Cispadaanse Republiek. De Vrede van Campo Formio (18 oktober 1797) was officieel het einde van de Eerste Coalitieoorlog tussen de legers van Napoleon en Oostenrijk en zijn bongenoten. De afspraken van de Vrede van Leoben werden in de Vrede van Campo Formio officieel bevestigd. De Republiek Venetië werd definitief opgesplitst tussen Oostenrijk en Frankrijk.

Vanwege onrusten in Rome besloot Napoleon daar in december 1797 in te grijpen: op 10 februari 1798 trok een Frans leger de stad binnen. Paus Pius VI werd als wereldlijk heerser afgezet, gearresteerd en naar Frankrijk overgebracht, waar hij al snel overleed. Rome werd de hoofdstad van de door Napoleon opgerichte Romeinse Republiek. Ondanks de onderdrukking en het machtsvertoon door de Franse overheersers (zoals hoge belastingen, het roven van kunstschatten en het bloedig neerslaan van elk verzet) stond een groot deel van de bevolking achter de Franse invasie. Dat kwam mede door Napoleons tolerante opstelling tegenover kerk en godsdienst. Afgezien van hoe hij met de paus was omgegaan, was Napoleon gericht op verzoening.

De Zwitserse kantons waren het toevluchtsoord van duizenden Franse emigranten, die er samenzweringen op touw zetten. In maart 1798 viel Napoleon Zwitserland binnen en werd de Helvetische Republiek gesticht (april 1798). Al deze ‘vrije’ republieken waren, net zoals de in 1795 opgerichte Bataafse Republiek, satellietstaten van Frankrijk. Ze waren officieel onafhankelijk van Frankrijk, maar werden in de praktijk door Frankrijk geregeerd. Deze republieken dienden als buffer om Frankrijk te beschermen.