De eerstbekende bewoners waren waarschijnlijk migranten uit Sicilië, die met latere immigranten aangeduid worden als pre-Feniciërs. Zij bewoonden Malta reeds in het neolithicum. Men neemt wel aan dat met het eiland van Calypso uit de Odyssee het eiland Gozo wordt bedoeld. De eerste Feniciërs (zie Fenicië) arriveerden in 800 v.C.; zij werden nagevolgd door hun afstammelingen uit Carthago, die na de nederlaag in de Tweede Punische Oorlog in 218 v.C. voor de Romeinen moesten wijken. De schipbreuk van de apostel Paulus in 56 n.C. (Handelingen 28:1) zou volgens de overlevering op Malta hebben plaatsgevonden; hij zou er een christelijke gemeente hebben gesticht. Toen het Romeinse Rijk in 397 werd gesplitst, viel Malta waarschijnlijk aan Byzantium toe; in 870 werd het veroverd door uit Tunis afkomstige Arabieren. Na de verovering door Roger van Normandië in 1090 vond herkerstening plaats en behoorde Malta aan de heersers van Sicilië, tot Karel V in 1530 de eilanden in suzereiniteit gaf aan de Souvereine en Militaire Ridderorde van St. Jan van Jeruzalem (zie johanniterorde). In 1565 doorstonden de ridders een zwaar Turks beleg met succes en beschermden daarmee het westelijk deel van de Middellandse Zee voor verdere penetratie door de islam.

Op doortocht naar Egypte kreeg Napoleon I Bonaparte in 1798 Malta in handen. Diens antiklerikale bewind leidde echter spoedig tot een volksopstand en met Britse steun werden de Fransen in 1800 verjaagd. De Britten maakten zich bij de Vrede van Parijs (1814) definitief van Malta meester; het werd een Britse kroonkolonie en vlootbasis, die na de opening van het Suezkanaal (1864) van vitaal belang werd voor de Britse scheepvaartroute naar India. In 1921 kreeg Malta beperkte autonomie. Mussolini's irredentisme, dat ook Malta omvatte, leidde tot een opleving van de pro-Italiaanse stroming en tot binnenlandse troebelen, waarna de Britten de grondwet introkken.

In de Tweede Wereldoorlog was Malta strategisch van groot belang voor de geallieerde oorlogvoering in Noord-Afrika en later voor de invasie van Sicilië. Malta hield stand ondanks een strenge blokkade en 2000 luchtaanvallen en werd collectief beloond met de hoge Britse militaire onderscheiding, het George Cross, dat nog steeds de nationale vlag siert.

In 1947 werd een vernieuwde grondwet ingevoerd, maar zij werd echter weer opgeschort in 1958, na het aftreden van de regering-Mintoff (Malta Labour Party [MLP]) wegens het mislukken van haar politiek om Malta met Groot-Brittannië te integreren.

Het afnemen van Malta's strategisch belang, dat samenviel met de inkrimping van de Britse defensie, leidde uiteindelijk tot verlening van de onafhankelijkheid op 21 september 1964 onder de regering van de Partit Nazzjonalista (PN) van Giorgio Borg Olivier; deze had de verkiezingen van 1962 gewonnen – onder een nieuwe grondwet met vergaande autonomie – ten tijde van een diepgaand conflict van Mintoff met de lokale Rooms-Katholieke Kerk. Dit conflict werd pas in 1969, na het Tweede Vaticaans Concilie, bijgelegd, waarna Mintoff in 1971 een kleine verkiezingsoverwinning boekte. Het defensieverdrag met Groot-Brittannië over de pacht van de militaire bases op Malta, dat vanaf de onafhankelijkheid dateerde, werd op initiatief van Mintoff in 1972 herzien en leidde sindsdien tot aanzienlijk meer inkomsten voor Malta, tot het afliep in 1979. Op 13 december 1974 werd de republiek uitgeroepen, waarmee een einde kwam aan de bevoorrechte positie van de rooms-katholieke hiërarchie en geestelijkheid.

De regering-Mintoff boekte in 1976 wederom een kleine verkiezingsoverwinning. Zij vervolgde haar binnenlandse anti-establishment-politiek en buitenlandse politiek van neutralisme. Mintoff beschouwde het vertrek van de Britse strijdkrachten in 1979 als het hoogtepunt in zijn carrière. De vriendschap met de Libische leider Kaddafi kreeg overigens een deuk toen de laatste Malta's aanspraken op het mogelijk olierijke continentaal plat in zee betwistte. Kanselier Kreisky van Oostenrijk wist Mintoff en Kaddafi weer te verzoenen en in 1984 werd een Libisch-Maltees vriendschapsverdrag gesloten.

In 1981 behaalde de PN een absolute stemmenmeerderheid bij de parlementsverkiezingen, maar de MLP bleef met een meerderheid aan parlementszetels aan de regering. De PN begon een campagne van burgerlijke ongehoorzaamheid en haar parlementsleden weigerden hun zetels in te nemen. Ook na het beëindigen van de boycot bleef de sfeer gespannen, vooral toen de regering in 1984 greep probeerde te krijgen op het particulier onderwijs, wat tot een bitter conflict leidde met de Rooms-Katholieke Kerk. Mintoff trad in december 1984 af ten gunste van zijn zelfgekozen opvolger K. Mifsud Bonnici. In 1985 werd de schoolstrijd beëindigd door een overeenkomst met het Vaticaan. In de aanloop naar de verkiezingen van 1987 bleef de atmosfeer onrustig en gewelddadig. De moord op een jeugdige PN-aanhanger in december 1986 leidde tot een opmerkelijke bemiddelingspoging van oud-premier Mintoff om een eind aan de polarisatie te maken. Er werd een grondwetswijziging doorgevoerd, die inhield dat in het vervolg de partij met een absolute stemmenmeerderheid ook een zetelmeerderheid in het parlement zou krijgen. In ruil hiervoor ging de PN akkoord met de opneming van het neutraliteitsbeginsel in de grondwet. Hierdoor werd het mogelijk dat in mei 1987 de PN na een vreedzame machtswisseling de regering overnam. E. Fenech-Adami werd premier. Bij verkiezingen in februari 1992 bleef de PN aan de macht. Fenech-Adami kondigde aan in zijn volgende ambtstermijn de rol van de overheid verder terug te dringen.

Terugkerend onderwerp bij alle verkiezingen in de jaren negentig was het al dan niet toetreden tot de Europese Unie (EU). De PN-regering had in 1990 het lidmaatschap aangevraagd, maar na de overwinning van de MLP in 1996 werd de aanvraag ingetrokken. Bovendien trok Malta zich terug uit het NAVO-programma Partnership for Peace. De MLP wilde slechts een ‘speciale band’ met de EU, en vreesde verlies van werkgelegenheid als de geldende protectiemaatregelen zouden verdwijnen. Een regeringscrisis omtrent de bouw van een jachthaven maakte in 1998 vervroegde verkiezingen noodzakelijk, die gewonnen werden door de PN. Fenech-Adami werd wederom premier.