In het voorjaar van 2000 startte de Europese Unie (EU) toetredingsonderhandelingen met de Maltese regering. Premier Fenech-Adami, fervent voorstander van toetreding, plande over dit onderwerp een referendum in 2003. De oppositionele Labourpartij stelde alles in het werk om toetreding te voorkomen; partijleider Sant gaf aan dat hij bij een verkiezingsoverwinning van Labour de uitslag van een referendum naast zich neer zou leggen.

Op 13 december 2002 werden op de EU-top in Kopenhagen met succes de onderhandelingen over de toetreding van tien nieuwe lidstaten, waaronder Malta, afgesloten. Op 8 maart 2003 stemde bijna 54% van de Maltezen in een referendum voor toetreding tot de Europese Unie, die op 1 mei 2004 haar beslag kreeg. Bij de verkiezingen voor het Europees Parlement in juni 2004 won de Nationalist Party twee zetels. Drie zetels gingen naar de Malta Labour Party, die sceptisch staat tegenover de Europese Unie.

Bij de parlementsverkiezingen van 12 april 2003 verloor de Partit Nazzjonalista (PN) 1 zetel, maar bleef de grootste partij met 34 zetels. De Malta Labour Party (MLP) ging van 30 naar 31 zetels.

Aan het langdurige premierschap van Edward Fenech Adami kwam op 23 maart 2004 een eind toen de 70-jarige voorzitter van de christendemocratische Nationalist Party terugtrad. Fenech Adami was met onderbrekingen 14 jaar premier van Malta geweest. Op 29 maart werd hij door het parlement gekozen tot staatshoofd. De opvolger van Fenech Adami als premier werd de 49-jarige Lawrence Gonzi. Voor het eerst sinds Malta’s onafhankelijkheid gingen ook vrouwelijke ministers deel uitmaken van de regering.

Het negatieve saldo van het overheidsbudget van 5,2% was in 2004 hoger dan de grens van 3% die is vastgelegd in het Stabiliteitspact van de Europese Unie. Ook de staatsschuld van 73,2% voldoet niet aan de Europese norm. Malta krijgt de tijd tot 1 januari 2007 om aan het Stabiliteitspact te voldoen. De introductie van de euro wordt niet eerder verwacht dan 2008.

Het Hoge Commissariaat voor de Vluchtelingen van de Verenigde Naties (UNHCR) uitte op 18 januari 2005 zware kritiek op de behandeling van asielzoekers op Malta, o.a. vanwege het feit dat het land asielzoekers 18 maanden onder erbarmelijke omstandigheden in detentie hield. Het Maltezer vluchtelingenbeleid is volgens de UNHCR het meest restrictieve van Europa. Het land vroeg andere landen van de Europese Unie om illegale immigranten over te nemen, omdat de komst van immigranten een veel grotere impact heeft op het kleine Malta dan op de grotere EU-landen.

De Maltezer regering besloot op 10 juni 2005 de ambassadeur en diplomatieke staf op haar ambassade in Peking te vervangen na de ophef die was ontstaan over het verlenen van visa aan Chinese studenten die vervolgens via Malta op illegale wijze Italië probeerden binnen te komen. De zaak kwam aan het rollen toen in maart 2005 zes studenten bij de overtocht naar Italië om het leven kwamen. De ambassade bleek in de voorafgaande acht maanden aan 1800 studenten een visum te hebben verstrekt.