In het voorjaar van 1518 vertrok Luther naar Heidelberg om zich daar op de kapittelvergadering van de augustijnerorde nader over deze zaak te verklaren. Daar bleek hoe de reactie op de aflaatkwestie slechts een uitvloeisel was van zijn volkomen vernieuwd bijbels-theologisch denken. Luther noemt het zelf de theologie van het kruis, van de gebrokenheid. Wij bouwen ons geloof niet op wat wij zien, doen of laten, maar tegen wat wij zien in en niet op basis van ons doen of laten; alleen op de Heer, die door de dood van zijn geliefde Zoon de dood overwon, stellen wij alle vertrouwen – op dat vreemde werk, dat de verhulling was van zijn eigenlijke werk, dat voortkwam uit zijn liefde voor de mens. Deze theologische vernieuwing kwam zeker niet geheel uit de lucht vallen. Een belangrijke rol speelde zijn nominalistische scholing, die rede en geloof minder in elkaars verlengde zag dan de thomistische filosofie (zie thomisme) en theologie, maar ook de door hem herkende en erkende verwantschap met de gedachten van ‘Stillen in den Lande’ als de 14de-eeuwse prediker en mysticus Tauler en anderen. De voornaamste bron echter blijft de bijbelse theologie, waarbij zowel het Nieuwe als het Oude Testament, vanuit de grondtalen uitgelegd, tot zijn recht komt.