Haydn had in zijn artistieke ontwikkeling deel aan de diverse stijlveranderingen in de 18de eeuw. In zijn jeugd werd hij opgeleid in de traditie van de barokmuziek. Later onderging hij de invloed van de galante stijl, de Empfindsamkeit en de Sturm und Drang. De belangrijkste historische betekenis van Haydn ligt in het feit dat in zijn latere werk de groei en de consolidatie van de klassieke stijl zichtbaar werd, waarmee hij een nieuwe algemeen menselijke taal schiep, die direct aanspreekt en vrij is van alle valse pathos. Als zodanig paste zijn muziek niet meer in de formalistische en aristocratische hofcultuur van het rococo. Invloed van de volksmuziek in zijn ontwikkeling is aanwijsbaar, vooral in de ‘boertige’ menuetten van zijn strijkkwartetten en symfonieën.

De typisch klassieke schrijfwijze bereikte Haydn eerst ca. 1780. Een belangrijke fase in zijn ontwikkeling, waarin diverse heterogene elementen tot een synthese worden samengebracht, zijn de jaren 1766–1775, ook aangeduid als de Sturm und Drang-periode. In de genres van de symfonie (La Passione, nr. 49), het strijkkwartet (op. 9, 17 en 20) en de pianosonate (c mineur Hob. XVI:20) worden nieuwe kenmerken zichtbaar als een gepassioneerde expressie, een krachtig ritmisch élan, nadruk op de harmonische spanning, een thematisch en koloristisch zelfstandiger optreden van de blaasinstrumenten en een verbreding van de muzikale periodes. Het langzame deel wordt in plaats van andantes een intense adagio en de finale wordt in gewicht en karakter gelijkwaardig aan het aanvangsdeel. Ook is er een opvallende dramatische opvatting en uitbouw van de doorwerking van de sonatedelen. Na een periode, waarin Haydns groei door nood gedwongen concentratie op het componeren van opera's enigszins stagneerde, breekt omstreeks 1784–1785 een nieuwe periode van stilistische expansie aan met de Parijse symfonieën en de Tostkwartetten op. 54, op. 55 en op. 64 (opgedragen aan de violist J. Tost).

In deze werken legde Haydn het fundament van de klassieke, instrumentaal dramatische schrijfwijze, die wordt gekarakteriseerd door een motivische structuur, waarin eenheid en variëteit elkaars tegenpolen worden en waarin door het uitspelen van tegengestelde motieven wordt uitgegaan van een antithese, die tot een oplossing wordt gebracht. Omstreeks de jaren negentig componeerde Haydn nog een serie pianotrio's, die opvallen door een cantabilestijl (zie cantabile), die anticipeert op het vroege werk van Beethoven. Van de tegelijkertijd gecomponeerde drie pianosonates wijst de sonate in Es majeur (Hob. XVI:52) met haar volle en harmonisch rijke textuur zelfs op directe invloed van Beethoven. In de vormen die een dramatisch karakter hebben, bijv. de opera, heeft hij zich niet zo representatief kunnen uiten; in het epische genre evenwel kwam zijn talent tot volle ontplooiing, met name in de beide oratoria Die Schöpfung en Die Jahreszeiten. Daarnaast heeft Haydn nog een groot aantal van een grote geestelijke rijkdom getuigende speel- en gebruiksmuzieken geschreven.

Kort na zijn dood verschenen er drie, op conversatie met de componist gebaseerde, biografische geschriften (G.A. Griesinger, A.C. Dies, Carpani). Nog tijdens zijn leven werd door Breitkopf & Härtel het complete oeuvre van Haydn uitgegeven.