Tijdens de Napoleontische Oorlog, die zijn werkzaamheden aan het hof niet onderbrak, was hij een zeer geëngageerd toeschouwer. De als ‘politiek protest’ op te vatten, meesterlijk getekende cyclus Los desastres de la guerra bevat bittere en satirische beelden van de gruwelen van de oorlog. Ook verschillende van de in die tijd ontstane schilderijen vormen onthutsende tijdsdocumenten die, vrij van partijdigheid, van een beklemmende kritiek zijn op de zinloze wreedheid van het oorlogsbedrijf. Eveneens in deze periode maakte hij vele tekeningen in de straten van Madrid. Vooral de stierengevechten en de toeschouwers daarbij vormden voor hem een belangrijke bron van studie van het menselijk gedrag (serie etsen Tauromaquia, 1808–1818). Ook door Ferdinand VII, die in 1814 de troon besteeg, werd hij tot hofschilder benoemd.