In 1785 werd hij adjunct-directeur van de Academia de S. Fernando. In 1786 werd hij aan het hof benoemd. Vanaf dit moment maakte hij zeer snel carrière, werd overstroomd met opdrachten en in 1789 door Karel IV tot hofschilder benoemd. Het was waarschijnlijk in deze tijd dat hij amoureuze betrekkingen aanknoopte met de hertogin van Alva, waarover nog weinig met zekerheid bekend is. Zijn beroemde portret van haar ontstond in 1797 (Hispanic Society of America, New York).

In 1792 werd Goya ten gevolge van een attaque getroffen door doofheid. Gedurende de tijd van zijn herstel schilderde hij een aantal door hem zelf ‘salonstukken’ genoemde werken op klein formaat, waarin hij voor het eerst zijn fantasie de vrije loop liet. Hij hervatte zijn werkzaamheden aan het hof en maakte de eerste belangrijke portretten, die met een ‘verzilverd’ palet zijn geschilderd (de zgn. grijze periode, tot 1795). In 1799 publiceerde hij zijn eerste serie etsen, Los caprichos, gekenmerkt door een knappe techniek en een sterke neiging tot het satirische, fantastische en macabere; zij verdwenen uit angst voor de Inquisitie weldra uit de circulatie. In 1799 werd hij tot eerste hofschilder benoemd; een jaar daarop ontstond het groepsportret Karel IV en zijn familie (Prado, Madrid), een onverbloemde weergave van de Spaanse koninklijke familie.