In het midden van het eerste millennium v.C. behoorde Afghanistan tot het Perzische Rijk van koning Cyrus (ca. 550 v.C.). Het werd met dit rijk veroverd door Alexander de Grote (325), die er dwars doorheen trok en er verschillende nederzettingen van Grieken en Macedoniërs stichtte met de naam Alexandria. Bij de verdeling van zijn rijk kwam Afghanistan aan de Seleuciden, maar een deel van het gebied maakte zich toen al onafhankelijk van die westerse invloeden, een tendens die de gehele geschiedenis door het geval is geweest, terwijl daarnaast typerend is dat de lokale groten er een min of meer zelfstandige rol hebben gespeeld. Niet veel later drong een nieuw volk het land binnen, de Yiieh-chi, en veroverde het. Bij het begin van onze jaartelling heerste de Kushandynastie er. In die tijd verbreidde zich het boeddhisme. Dat was weer invloed van het Oosten: Afghanistan was het scheidingsgebied tussen Perzië en Indië, tussen Oost en West. Dat bleek ook toen de islam er doordrong: reeds in de 7de eeuw werd het grootste deel veroverd door de kaliefen van Damascus, maar het oostelijk deel (Kabul) bleef apart onder een hindoedynastie (zie hindoeïsme).

De scheiding in een islamitisch en een hindoeïstisch gebied, gevoegd bij het verlangen naar zelfstandigheid van de plaatselijke heersers, deed veel oorlogen ontstaan. Daarbij kwam dat het kalifaat vrij spoedig zijn kracht verloor. Zo vormde zich dan ook al ca. 1000 een afzonderlijk islamitisch rijk onder Mahmoed, waarvan Afghanistan het hart vormde en waarvan Ghazni het belangrijke handelscentrum was. Maar nog geen eeuw later drongen de Turken er binnen, Ghazni werd verwoest en door het volk van de Choci werd een nieuw rijk gesticht, islamitisch, maar met een krachtige hindoe-invloed, want dit rijk strekte zich ook over het noorden van Indië uit (1153, Ala-uddin Hoessein). Nadat de provinciale gouverneurs zich weer meer zelfstandig hadden gemaakt, kwam de tijd van de grote Mongolen-veroveringen, waarvan ook Afghanistan de vreselijke gevolgen ondervond. Tot de tijd van Timoer (ca. 1400) bleven de Mongolen er heersen.

Ook daarna kende het land geen rust: vele oorlogen verwoestten het grotendeels, ook nadat het zgn. Rijk van de Groot-Mogol in de 16de eeuw was gesticht, dat zijn bloeitijd had onder Akbar. Afghanistan was toen weer als vanouds verdeeld en zo bleef het nog eeuwenlang, ondanks de veroveringsoorlogen aan beide zijden gevoerd: Kabul behoorde gewoonlijk bij het Oosten en Herat bij Perzië. Dit laatste rijk had pas vanaf de 18de eeuw meer succes: de machtige Perzische vorst Nadir Sjah veroverde in 1737 geheel Afghanistan. Hij stelde er een stadhouder aan, Ahmed Chan, die zijn gebied in 1747 tot een zelfstandig koninkrijk maakte. Toen kwam eigenlijk voor het eerst Afghanistan als een afzonderlijke eenheid in de geschiedenis voor. Omstreeks het begin van de 19de eeuw was het rijk weer verkleind en Herat weer bij Perzië, met welk land Napoleon zich in verbinding stelde om het Britse bezit vanuit het westen te bedreigen. Daarmee begon de periode van het Europese imperialisme, dat ook Afghanistan in zijn greep kreeg.

Het is vooral Groot-Brittannië dat voortdurend geprobeerd heeft zijn invloed ook uit te strekken over dit knooppunt, dat met de Khyberpas een toegangsweg naar het westen en naar Centraal-Azië beheerst. Ook Rusland wierp begerige blikken op dit land, sinds het in Toerkestan macht had en in Perzië probeerde invloed te krijgen.

De eerste Britse expeditie drong in 1838 het land binnen ter gelegenheid van een troonstrijd: de Britten namen het op voor sjah Sjoeya en hadden tijdelijk succes, maar toen deze hervormingen in het leger invoerde, laaide het verzet tegen Groot-Brittannië weer op en na een bloedige strijd, waarbij vreselijke verwoestingen werden aangericht, moest Groot-Brittannië het land ontruimen: Sjoeya's tegenstander Dost Mohammed werd als emir erkend (1855) en was iets meer toegankelijk voor Perzische en Russische invloed. Daartegen verzette Groot-Brittannië zich weer, dat wegens moeilijkheden in India voorlopig niet krachtig kon optreden, maar in 1873 een traktaat met Rusland sloot, waarbij dit land afzag van invloed in het grootste deel van Afghanistan. De emir begreep dat hij de twee mogendheden tegen elkaar moest uitspelen en was dus Rusland gunstig gezind. Toen trad Groot-Brittannië krachtiger op: de grote Afghaans-Britse oorlog brak uit (1878–1881). Een leger drong het land binnen, de emir vluchtte, zijn zoon werd op de troon geplaatst, maar Kabul en andere steden bleven bezet en het land kwam onder een soort protectoraat (1879). Een Britse resident oefende controle uit op de buitenlandse politiek. Het nationalistische deel van het volk kwam daartegen in verzet en nog in 1879 werd de Britse resident met vele anderen vermoord. Dat was aanleiding tot een strafexpeditie onder generaal Roberts.

Door hem werd Abdoer-Rahman (1880–1901) emir en deze bleef zijn gehele regering een bondgenoot van Groot-Brittannië, dat garanties voor de onafhankelijkheid toezegde en financiële steun verleende. Met deze hulp moderniseerde Abdoer-Rahman het bestuur enigszins, maar overigens was hij tegen het binnendringen van westerse hervormingen gekant. Zijn zoon Habib Oellah (1901–1919) was daarvoor iets meer vatbaar (er werd een hogeschool te Kabul gesticht, auto's werden toegelaten), maar hij bleef wantrouwig tegen Groot-Brittannië, ook omdat hij rekening had te houden met een groeiende oppositie van de conservatieven, o.a. de Ulama of geestelijken, in zijn land. In 1907 wist Groot-Brittannië de Russen geheel te verdringen: bij verdrag zag de tsaar af van alle invloed in deze streken, terwijl Groot-Brittannië beloofde geen veranderingen aan te brengen in de staatsinstellingen van Afghanistan. Gedurende de Eerste Wereldoorlog bleef de emir geheel neutraal.

In 1919 werd emir Habib Oellah vermoord en maakte zijn zoon Amanoellah zich meester van de regering. Deze werd door de nationalisten en door eigen overtuiging ertoe gebracht de oorlog aan Groot-Brittannië te verklaren. Na een inval in India moest hij echter, geconfronteerd met het moderne Britse leger, de strijd staken. In 1921 sloten Afghanistan en Groot-Brittannië te Kabul een vredesverdrag, waarbij Afghanistan als een ‘absoluut-onafhankelijke staat’ werd erkend. Kort daarna toonde de emir zich een overtuigd voorstander van westerse hervormingen, daarin bijgestaan door zijn vrouw Soeraja, vooral nadat zij een reis naar Europa hadden gemaakt. Allerlei technische verbeteringen werden aangebracht, de spoorweg tot de Khyberpas doorgetrokken, het onderwijs verbeterd, wegen aangelegd. Lager onderwijs werd verplicht gesteld, er verschenen binnenlandse kranten en met vele mogendheden werden relaties aangeknoopt. In 1923 kreeg het land een grondwet, in 1925 werd het een koninkrijk. Ook schafte de koning de sluier van de vrouw af en de fez van de mannen. Maar toen groeide het verzet tegen al dit ‘duivelswerk’ tot een opstand onder leiding van de priesters: einde 1928 moest Amanoellah, tegen wie al in 1923–1924 een – mislukte – militaire opstand was uitgebroken, vluchten en afstand doen van de troon. Zijn broer Inajatoellah kon evenmin gezag verwerven, tijdelijk besteeg de rebellenleider Batsja-i-Sacha de troon, zich noemend Habib Oellah II, die echter verslagen werd door Nadir Chan, afstammeling van Dost Mohammeds oudere broer. Deze handhaafde slechts enkele van de hervormingen, maar erkende alle met andere staten gesloten verdragen. In 1933 werd hij door een paleisbediende vermoord en door zijn zoon Mohammed Zahir Shah opgevolgd, onder wiens regering in 1937 het Verdrag van Saadabad met Turkije, Irak en Perzië werd gesloten.

In de Tweede Wereldoorlog bleef Afghanistan neutraal, hoewel het, aan Brits-Russische druk toegevend, in 1941 de Duitsers en Italianen het verblijf in het land moest ontzeggen. In 1946 kreeg het van de Sovjet-Unie concessies in de grensrivier Koesjka, terwijl het afzag van stad en district Koesjka. Het volgde na 1945 een neutrale koers tussen de grote machtsblokken. De betrekkingen met de buurlanden waren goed, behalve met Pakistan. Dat was een gevolg van de steun die Afghanistan gaf aan het onafhankelijkheidsstreven van de Pathanen (= Afghanen) in de Pakistaanse provincies Baluchistan en North West Frontier, die tot in de 19de eeuw aan Afghanistan hadden behoord. Dit gebied zou een nieuwe staat, Pakhtoonistan, moeten vormen, die met Afghanistan zou moeten worden herenigd. Een voorstander van steun aan de Pathanen was vooral de neef en zwager van de koning, Mohammed Daoed Khan, die van 1953 tot 1963 premier was met vrijwel onbeperkte macht. In Afghanistan was toen sprake van een strak moderniseringsbeleid. Daoed kwam ten val door de economische gevolgen van de crisis met Pakistan (in 1961 verbrak Afghanistan de verbindingen met dit land). Bij een staatsgreep op 17 juli 1973 zette Daoed koning Zahir Shah af en riep hij de republiek uit, waarvan hij zelf de eerste president werd. De eerste jaren van de republiek brachten nauwelijks hervormingen, hetgeen erop wees dat de coup meer een paleisrevolutie dan een sociale beweging was. Belangrijkste verandering na de machtsovername van Daoed was een verscherping van de spanningen met Pakistan over de Pakhtoonistankwestie. Een grondwetswijziging gaf de president grote macht. Bij een bloedige staatsgreep (de Grote Saur-Revolutie) door communisten in Kabul kwam president Daoed op 27 april 1978 om het leven. De Democratische Volkspartij van Afghanistan DVPA nam de macht over, maar binnen deze partij manifesteerde zich al snel een machtsstrijd tussen de radicale, nationalistische Khalq- (Massa-)vleugel en de gematigder, pro-Russische vleugel Parcham (Vlag). Khalq-leider Noer Mohammed Taraki werd president en premier. Hij kondigde ingrijpende nationalisaties, landhervormingen en een gedwongen alfabetiseringscampagne af, die echter felle weerstanden opriepen bij conservatieve etnische en islamitische leiders. Al snel had het communistische bewind in Kabul, dat slechts steunde op een kleine groep intellectuelen en officieren, te kampen met een grote opstand op het platteland. In het voorjaar van 1979 moest Taraki het premierschap afstaan aan de nog radicaler Hafizoella Amin. Deze bracht in september 1979 Taraki definitief ten val en liet hem liquideren. Amin nam hierna ook het presidentschap op zich.

De strijd tegen het communistische bewind had inmiddels het karakter van een burgeroorlog aangenomen. De diverse organisaties van moedjahedien (verzetsstrijders) beheersten al spoedig grote delen van het platteland. Formeel op basis van een vriendschapsverdrag van 7 november 1979 intervenieerde de Sovjet-Unie op 27 december door middel van een grote invasie. De in Russische ogen onberekenbare bondgenoot Amin werd terechtgesteld en vervangen door de Parcham-politicus Babrak Karmal. Deze streefde tevergeefs naar toenadering tot het verzet. Landhervormingen werden teruggedraaid en de rol van de islam werd opgewaardeerd.

Het Afghaanse leger, dat te kampen had met een laag moreel en massale desertie, en de sovjettroepenmacht die uitgroeide tot 120 000 man, slaagden er evenwel niet in de vooral vanuit Pakistan en Iran gesteunde moedjahedien te verslaan. Naar schatting 4,5 à 5 miljoen Afghanen vluchtten voor het oorlogsgeweld naar Pakistan en Iran. De met o.a. Amerikaanse wapens uitgeruste moedjahedien beheersten niet alleen grote delen van het platteland, maar vielen ook strategische verbindingen (zoals de Salangtunnel) en grote steden (Herat, Kandahar en Koendoez) aan. Hun organisaties in Peshawar (Pakistan) hadden zich, ondanks grote onderlinge meningsverschillen, in één front gebundeld.

Op 4 mei 1986 moest Karmal onder Sovjetdruk het veld ruimen als partijleider en later ook als president voor Mohammed Nadjiboella. Deze poogde de basis van het regime in Kabul te verbreden door ook niet-communisten in de regering op te nemen en (tevergeefs) toenadering te zoeken tot islamitische leiders en ex-koning Zahir Shah, die in ballingschap in Rome verbleef. De nieuwe sovjetpartijleider M. Gorbatsjov liet inmiddels weten de Russische militaire aanwezigheid in Afghanistan te willen beëindigen.

Mede daardoor kwam er vooruitgang in het indirecte vredesoverleg, dat onder bemiddeling van de VN in Genève tussen Afghanistan en Pakistan plaatsvond. Op 14 april 1988 leidde dit tot een akkoord, dat mede-ondertekend werd door de Verenigde Staten en de Sovjet-Unie. Overeenkomstig dit akkoord verlieten onder VN-toezicht (UNIMAG, United Nations Implementation Assistance Group) op 15 februari 1989 de laatste Russische troepen Afghanistan.

Het akkoord van Genève bracht echter geen bestand mee. De diverse organisaties van moedjahedien verhevigden hun aanvallen en weigerden met het communistisch bewind in Kabul te onderhandelen over een overgangsregering. Op 18 februari 1989 vormden zij een regering in ballingschap.

Terwijl de burgeroorlog onverminderd woedde, probeerden de VN te bemiddelen. In 1991 spraken de Verenigde Staten en de Sovjet-Unie af alle wapenleveranties aan enerzijds de moedjahedien en anderzijds de Afghaanse regering per 1 januari 1992 te staken. De moedjahedien voerden de druk op Kabul dusdanig op dat op 15 april 1992 Nadjiboella werd afgezet door een militaire Staatsraad.

De Staatsraad onder Abdul Rahim Hatif begon onmiddellijk onderhandelingen over de machtsoverdracht met commandant Ahmed Shah Massoud van de Jamiat-i-Islami. Op 25 april bereikten zes van de zeven grootste verzetsgroepen in Peshawar (Pakistan) overeenstemming over de vorming van een raad van 50 leden, die de macht in Kabul moest overnemen. In Afghanistan werd de islamitische staat uitgeroepen. Bars werden gesloten, vrouwen opgeroepen de sluier te dragen en het islamitisch strafrecht werd ingevoerd (zie islamitisch recht). De verzetsbewegingen in en rond Kabul raakten echter onderling slaags, waarbij vele doden vielen. In maart 1993 tekenden president Burhanuddin Rabbani (sinds juni 1992 formeel in functie) en zijn rivaal Gulbuddin Hekmatyar een akkoord dat een einde moest maken aan de onderlinge gevechten. Rabbani zou president blijven tot 18 maanden na 30 december 1992, de dag waarop hij voor twee jaar werd gekozen. Hekmatyars Hezb-i-Islami factie zou de minister-president en daarmee de regering mogen benoemen. Hekmatyar werd vervolgens minister-president in juni, maar niet dan nadat er nogmaals onderlinge gevechten waren uitgebroken.

Door de strijd tussen de verschillende krijgsheren viel het land langs etnische lijnen uiteen. Centraal gezag ontbrak en de bevolking viel ten prooi aan sociale chaos, politieke willekeur en banditisme. In deze context kwam een nieuwe beweging naar boven drijven: de Pathaanse militie van de Taliban (in naam religieuze studenten, maar veelal eenvoudige dorpsjongens). Najaar 1994 maakten zij zich onder leiding van de mysterieuze leider molla Mohammed Omar meester van een groot deel van het land. In september 1996 viel Kabul zonder slag of stoot in hun handen. Zij hingen de vroegere communistische leider Nadjiboella in het openbaar op en dwongen de bevolking tot een strikte naleving van hun extreme interpretatie van de islamitische wet. Het centrale gezag en de orde werd hersteld maar ten koste van sociale en politieke rechten en vrijheden. Bioscopen, voetbalstadions, meisjesscholen en televisiestations werden gesloten. Vooral religieuze minderheden (sjiieten) en vrouwen werden onderdrukt. Vrouwen mochten niet meer buitenshuis werken en geen onderwijs volgen, en werden verplicht tot het dragen van een burqa, een gewaad dat het hele lichaam bedekt en slechts ruimte voor de ogen openlaat.

Een monsterverbond tussen de verjaagde president Rabbani, de Oezbeekse krijgsheer Dostum, de Tadzjiekse aanvoerder Massoud en de sjiitische Hezb-i-Wansat van Abdul Karim Khalili kon niet verhinderen dat eind 1996 tweederde deel van het land in handen van de Taliban viel. Na internationale druk verklaarden beide partijen zich in 1997 bereid tot een vergelijk, maar wat volgde was een politieke impasse. Sociaaleconomisch stond het land aan de afgrond. Volgens een VN-rapport uit 1997 stierf een kwart van de baby’s tijdens het eerste levensjaar, werden Afghaanse burgers dagelijks slachtoffer van landmijnen, veroorzaakten de economische blokkades door de verschillende milities hongersnood en konden internationale hulporganisaties hun werk vaak niet uitvoeren. Honderdduizenden ontvluchtten het land naar vooral Pakistan en Iran. Bovendien werd het noordoosten van Afghanistan begin februari 1998 getroffen door een zware aardbeving, die naar schatting 4500 slachtoffers eiste.

Nadat de Noordelijke Alliantie door interne twisten uiteen was gevallen, begonnen de Taliban een nieuw offensief en veroverden de noordelijke provinciale hoofdsteden Maimana en Shiberghan. Op 8 augustus 1998 trokken Talibanstrijders Mazar-e-Sharif binnen en richtten een bloedbad aan onder de sjiitische bevolking. Dit leidde tot grote internationale verontwaardiging en een verder isolement van het Talibanregime. Door de moord op acht Iraanse journalisten en diplomaten door de Taliban raakten Iran en de Taliban op voet van oorlog. Slechts VN-bemiddeling kon een daadwerkelijke oorlog voorkomen. In Afghanistan zelf gingen, ondanks herhaaldelijke vredesinitiatieven, de gevechten door. In mei 1999 veroverden de Taliban de stad Bamian in Centraal-Afghanistan, waarmee ze 90% van het land controleerden.

Vanaf zomer 1998 kwam Afghanistan sterker in het internationale voetlicht omdat de Taliban de door de VS gezochte terrorist Osama bin Laden en strijders van diens organisatie al-Qaida onderdak verschaften. Op 20 augustus 1998 voerden de VS een aanval met kruisraketten uit op een al-Qaida kamp in Afghanistan. Dit leidde tot een verbreking van de relaties tussen de Taliban en de VS. Bij heftige anti-Amerikaanse betogingen vond een VN-medewerker de dood waarop alle internationale hulporganisaties Kabul verlieten. In november 1999 werden economische sancties tegen Afghanistan van kracht, waartoe de VN-Veiligheidsraad had besloten omdat de Taliban weigerden Bin Laden uit te wijzen aan de VS.