Hoewel het de VOC primair om de handel te doen was, werd zij langzaam maar zeker ook een territoriale macht, op Ceylon en in de Molukken, maar vooral op Java. In 1678 kwam Semarang in bezit van de VOC, te zamen met enkele andere havens langs de kust van Tegal tot Soerabaja. Verder claimde de VOC de soevereiniteit over de zogeheten Ommelanden van Batavia en de Preanger – het gebied ten zuiden van de Ommelanden. In het laatste gebied introduceerde de compagnie in het begin van de 18de eeuw de koffiecultuur. Zij verbouwde de koffie in samenwerking met de ‘regenten’ van het gebied, plaatselijke ambtenaren van de susuhunan van het machtige Javaanse rijk Mataram.

Ook met de interne ontwikkelingen van dit laatste rijk bemoeide de VOC zich. Hierbij maakte uiteindelijk susuhunan Pakoeboewono II zich afhankelijk van de Nederlanders door tijdens een tegen hem gerichte opstand van Chinezen en Javanen de hulp van de compagnie in te roepen. In december 1749 gaf hij op zijn sterfbed zelfs ‘alle gezag, magt en authoriteyt’ over zijn rijk aan de Nederlanders, hetgeen niet door iedereen werd aanvaard.

Een belangrijke rivaal van Pakoeboewono II, Mangkoeboemi, riep zich daarom te Jogjakarta eveneens tot vorst van Mataram uit. Een gewapend conflict was het gevolg met als uiteindelijk resultaat de verdeling van het rijk in drie vorstendommen: Soerakarta, Jogjakarta en Mangkoenegaran. Ondanks de verdeling van het rijk van Mataram was de VOC in de tweede helft van de 18de eeuw overigens niet in staat ten oosten van Batavia meer dan de kuststrook echt te beheersen. In het binnenland kon zij haar invloed uitsluitend laten gelden door de vorstenhoven tegen elkaar uit te spelen, waarbij zij slechts wisselend succes had.